Lúc sơ khởi, trong đền Hiển Trung thờ 1015 vị công thần, liệt kê như sau:

• Bàn thờ chính ở giữa thờ ba vị, là: Võ Tánh, Ngô Tùng Châu và Nguyễn Tấn Huyên [11]
• Bàn thờ thứ nhất ở bên trái thờ 10 vị, là: Chưởng dinh Quận công Châu Văn Tiếp, Tiền dinh Quận công Tôn Thất Hội, Thiếu bảo Quận công Tống Viết Phước, Chưởng dinh Quận công Mai Đức Nghị, Chưởng thủy dinh Võ Di Nguy, Chưởng dinh Quận công Nguyễn Cửu Dật, Nguyễn Cửu Toán, Nguyễn Thành, Hữu quân Quận công Tôn Thất Dũ, Tả quân Quận công Nguyễn Văn Chánh.
• Bàn thờ thứ nhất ở bên mặt, thờ 10 vị: Chưởng dinh Quận công Nguyễn Hữu Thụy, Nguyễn Đình Thuyên, Nguyễn Kim Phẩm, Trần Xuân Trạch, Tôn Thất Cốc, Tống Phước Hòa, Thiếu phó Nguyễn Thái Nguyên, Chưởng dinh Bùi Kế, Chưởng cơ Đoàn Văn Các, Hoàng Công Thành.

Ngoài ra, bên ở hai bên hông đền còn có các bàn thờ số còn lại, trong đó có một người Pháp là Chưởng vệ Mạn Hòe (Manuel) [12].

Về sau, trong số 1015 vị công thần này, có 361 vị được chuyển ra thờ trong các đền Trung Hưng, Trung Tiết ở Huế, và đền Bảo Trung ở Khánh Hòa...Đến khi quân Pháp đánh chiếm Gia Định, đền Hiển Trung không ai chăm sóc, vua Tự Đức bèn truyền đem hết số vị còn lại ra thờ ở Ân Tự, thuộc thôn Vĩ Dạ (huyện Hương Thủy, tỉnh Thừa Thiên) [13].